মজলিসে শুরার কাছে হাটহাজারী মাদরাসার মুঈনে মোহতামীম বা সহযোগী পরিচালকের পদ থেকে সরাসরি পদত্যাগ বা পদত্যাগের বিষয়ে কোন প্রকারের সম্মতি প্রকাশ করেননি বলে জানিয়েছেন হেফাজতে ইসলামের মহাসচিব আল্লামা হাফেজ জুনায়েদ বাবুনগরী। তিনি অব্যাহতি চাওয়ায় তাকে সহযোগী পরিচালকের পদ থেকে বাদ দেওয়া হয়েছে বলে মাদরাসার পক্ষ থেকে তথ্য দেওয়ার পর বুধবার রাতে তিনি এক বিবৃতে এ কথা বলেন। 

আল্লামা বাবুনগরী বলেন, শায়খুল ইসলাম আল্লামা শাহ আহমদ শফীর সভাপতিত্বে হাটহাজারী মাদরাসার মজলিসে শুরার বৈঠকের শেষ পর্যায়ে কিছু বিষয় সম্পর্কে জানতে আমাকে ডাকা হয়। সেসব বিষয়ে আমি সুস্পষ্ট বক্তব্য উপস্থাপন করেছি। বৈঠকে আমাকে অব্যাহতি দেয়ার বিষয়ে শুরার সদস্যগণ কিছুই বলেননি। বৈঠক শেষে মাদরাসার ফেসবুক পেজে মাওলানা নোমান ফয়জী ও মাওলানা নুরুল আমীনের বরাতে বলা হয় আমি মজলিসে শুরার সদস্যদের নিকট পদত্যাগের সম্মতি প্রকাশ করায় অব্যাহতি দিয়েছেন। এ কথা ভিত্তিহীন, আমি কোন পদত্যাগ চাইনি।